Dnia  7  czerwca  1999  roku  Ojciec Święty  Jan  Paweł  II  podczas  swojej wizyty w Toruniu beatyfikował  księdza  Stefana Frelichowskiego, natomiast dekretem Biskupa Toruńskiego z 31 sierpnia 1999 roku z macierzystych parafii Apostołów Piotra i Pawła (Toruń  Podgórz) oraz Najświętszego Serca Pana Jezusa (Mała Nieszawka) zostaje wydzielona nowa parafia p.w. Błogosławionego Księdza Stefana Wincentego Frelichowskiego. To pierwsza parafia wśród wspólnot Kościoła Powszechnego, pod wezwaniem tego Błogosławionego. Nowa  parafia  należy  do dekanatu toruńskiego IV. Dekret erygujący wszedł w życie 8 września 1999 roku  i tego dnia, w Święto  Narodzenia  Najświętszej  Marii  Panny,  jako  mieszkańcy  nowej  parafii przeżywaliśmy wraz ze    swoim Księdzem Proboszczem,  Ryszardem Dominem,   pierwszą  Mszę Św.  na  placu przeznaczonym  pod  budowę  kościoła.  Kościół  parafialny  budowany  będzie przy  ulicy  Szubińskiej. W swej architektonicznej konstrukcji będzie szczególną budowlą. W jej bryle upamiętni się sceneria, w której papież Jan Paweł II dokonał beatyfikacji Patrona.